Thực phẩm hữu cơ rất tốt cho sức khỏe bởi không sử dụng hóa chất vô cơ, không làm hại đến môi trường. Tuy nhiên, theo các chuyên gia nếu chỉ sử dụng thực phẩm hữu cơ thì chưa chắc đã tốt.
Trong nhiều diễn đàn thảo luận về thực phẩm, sản phẩm hữu cơ luôn được đề cao bởi tính an toàn cũng như độ thơm ngon. Thậm chí, không chỉ rau, mà các loại hoa quả được dán nhãn nhập khẩu từ nước ngoài về, nếu có các mã số thể hiện loại quả hay rau đó được trồng theo phương pháp hữu cơ có thể giá bán đắt gấp chục lần so với các sản phẩm cùng loại với mã số thể hiện phương pháp truyền thống.
TS Trần Ngọc Hùng, Viện Nghiên cứu Rau quả cho hay, quá trình canh tác hữu cơ là dùng các sản phẩm hữu cơ khác để chăm bón cho một sản phẩm hữu cơ nào đó. Cũng do dùng sản phẩm hữu cơ nên hàm lượng vi chất, chất đạm cũng vì thế cao hơn. Kèm theo không dùng thuốc kích thích tăng trưởng nên thời gian trồng kéo dài hơn. Đây cũng là thời gian tích lũy các chất dinh dưỡng, vì thế có thể nói rằng dinh dưỡng trong sản phẩm hữu cơ cũng cao hơn các loại tương tự.

Tuy vậy theo chuyên gia, nếu nói rau hữu cơ ăn ngon hơn thì chưa chắc nhưng chắc chắn sẽ có hương vị khác biệt so với rau sản xuất theo phương pháp thông thường. Thực phẩm hữu cơ sau khi chế biến luôn có hương vị đặc trưng tự nhiên của mỗi loài rau. Ví dụ rau cải hữu cơ có vị hăng hơn, thậm chí đắng hơn rau cải thường và nhiều người chê không ngon. Cải bó xôi nồng hơn có khách hàng đã phải mang cả nồi canh đến để… xác minh. Nhưng còn cải bắp, su hào ngọt và đậm đà hơn nên luôn được khen ngợị.
So với các phương thức canh tác khác rau hữu cơ thường được xem là an toàn hơn. Điều này rất dễ hiểu do quy trình đặt ra cho sản phẩm an toàn là cần được kiểm soát từ đất sạch, không dùng các loại hóa chất, thuốc bảo vệ thực vật hay chất kích thích nước tưới hoàn toàn sạch. Nhưng ở góc độ nào đó, sản phẩm này không phải là tuyệt đối, thậm chí có thể vẫn có tỉ lệ vi khuẩn E.coli hay Nitrat cao.
TS Trần Ngọc Hùng lấy dẫn chứng với rau, do dùng sản phẩm hữu cơ, cụ thể là đạm hữu cơ để bón cho cây nhưng cây không phải khi nào cũng hấp thụ hết lượng đạm đó. Vì thế dẫn đến tình trạng dư thừa đạm, dẫn đến hàm lượng nitrat trong sản phẩm hữu cơ có thể còn cao. Khi ăn rau có nitrat cao, nguy cơ gây ra ung thư đường ruột cũng lớn.
Các rau ăn lá hữu cơ nếu chưa đến lứa hái đặc biệt là rau muống, mồng tơi, lang thì nguy cơ rau có tồn dư nitrat là rất cao do chưa đảm bảo đủ thời gian cách ly sau mỗi lần bổ sung dinh dưỡng khi kết thúc mỗi lứa thu hoạch.
Ngày nay, thực phẩm hữu cơ có mặt ở hầu khắp các quốc gia, từ nước có nền nông nghiệp lạc hậu đến những nước có nền nông nghiệp phát triển. Các nghiên cứu khẳng định không có các thông tin bằng chứng đầy đủ của y khoa về những tuyên bố thực phẩm hữu cơ là an toàn hơn hay khỏe mạnh hơn so với thực phẩm từ nuôi trồng thông thường